La historia nos traslada a una ciudad distopica, concebida para ser perfecta, donde existe el cuidado para todo ser vivo, y a la que todosjuran lealtad absoluta. Es alli donde Shion -un chico que crecio en laelite- repentinamente pierde sus privilegios por proteger a un fugitivo de nombre Nezumi que portaba un VC (chip de violencia). Este le cuenta a Shion que la ciudad en realidad esta hecha para lavarle el cerebro a la gente, cosa que en el fondo el protagonista ya intuia. Cuatro años mas tarde, en medio de incidentes por los que se buscaculpar a Shion de cometer un crimen, Nezumi reaparece para salvarlo. Junto a el, descubrira la verdad oculta detras de esa ciudad ideal y perfecta conocida como Nº 6.
